Ibrahimović comenzó a practicar fútbol a la edad de 8 años en equipos de categoría amateur como el Malmö Boll & Idrottsförening, el Bollklubben Flagg y el Fotbollklubb Balkan.⁶ A los 15 años estuvo a punto de dejar el fútbol para trabajar en los muelles de Malmö, pero fue convencido por su agente para que siguiera jugando.⁷ En 1996 pasó al equipo juvenil del Malmö F. F. y tres años más tarde fue ascendido al primer equipo. Su debut en la Allsvenskan se produjo el 19 de septiembre de 1999 en un encuentro en condición de visitante ante el Halmstads Bollklubb que finalizó con marcador de 2:1 a favor de los locales.⁸

El 30 de octubre de ese mismo año, anotó su primer gol como futbolista profesional en la victoria de su club por 2:1 sobre el Västra Frölunda.⁸ En su primera campaña con el Malmö disputó seis encuentros y anotó un gol en la liga, su equipo finalizó en la decimotercera posición con veinticuatro puntos, por lo que fue descendido a la segunda división.⁸ En la temporada 2000, el Malmö fue subcampeón de la Superettan y logró el ascenso a la primera división tras culminar en la segunda posición con sesenta puntos producto de dieciocho victorias, seis empates y seis derrotas.⁹ Ibra fue el goleador de su equipo con doce goles.¹⁰