En los selectivos nacionales para el Campeonato Pan-Pacífico de 2002, enFort Lauderdale, Phelps registró récord nacional en los 200 m. combinado y estuvo cerca de hacerlo en los 200 m. mariposa.¹⁹ En los 400 m. combinado, mejoró el récord mundial que poseía Tom Dolan con un tiempo de 4:11.09, sólo por delante de Erik Vendt quien fue segundo con 4:11.27, también por encima del anterior récord mundial.²⁰ En los 200 m. libre, Phelps fue vencido por Klete Keller, para luego ganar los 100 m. mariposa superando a Ian Crocker y registrando un nuevo récord nacional.²¹

En el Campeonato Pan-Pacífico de Natación en Yokohama, Phelps ganó tres medallas de oro y dos de plata. En su primer evento, los 400 m. combinado, ganó aventajando a Erik Vendt con un tiempo de 4:12.48. En los 200 m. mariposa perdió con Tom Malchow, finalizando segundo con un tiempo de 1:55.41 contra los 1:55.21 de Malchow. Phelps dijo haber perdido por no tomarse seriamente el entrenamiento de la mariposa luego de romper el récord mundial. En los 200 m. combinado ganó con 1:59.70. En el relevo libre 4x200 junto a Nate Dusing, Klete Keller y Chad Carvin ganó la medalla de plata finalizando por detrás de Australia. En el relevo combinado 4x100, conformado por Aaron Peirsol, Brendan Hansen y Jason Lezak tuvo a Phelps nadando su posta en 51.1 segundos, en su momento la más rápida de la historia. El tiempo final de 3:33.48 fue un nuevo récord del mundo.²²